نظر به اهمیت کتاب الاهیات شفا استاد تعلیقه مفصلی بر این کتاب به صورت قوله قوله نگاشته اند که به نظر می رسد در زمان فراگیری این کتاب نزد استاد حسن زاده آملی بوده است و در برخی عبارات به دیدگاه استاد خویش اشاره می کنند. استاد به حواشی چند گانه بر این کتاب از جمله تعلیقه ملاصدرا تعلیقه ملااولیاء شوشتری و تعلیقه ملاسلیمان گیلانی عنایت داشته و در برخی موارد به آن اشاره کرده اند. تعلیقه استاد تقریبا کامل است و در دست تحقیق می باشد.